رهبر انقلاب اسلامی استثنائی بودن روز مباهله را در «شاخص روشنگر بودن» و نقش ممتاز آن در «تمایز جبهه‌ی حق و باطل» می‌دانند. پایگاه اطلاع‌رسانی KHAMENEI.IR به مناسبت فرا رسیدن سالروز واقعه‌ی مباهله، فرازی از بیانات حضرت آیت‌الله خامنه‌ای را که به تبیین اهمیت این موضوع پرداخته‌اند، منتشر میکند. این سخنان در تاریخ ۲۲ آذرماه ۱۳۸۸ بیان شده است:
روز مباهله، روزی است که پیامبر مکرم اسلام، عزیزترین عناصر انسانی خود را به صحنه میآورد.
نکته‌ی مهم در باب مباهله این است: «و انفسنا و انفسکم» در آن هست؛ «و
نسانا و نساکم»در آن هست؛ عزیزترین انسانها را پیغمبر اکرم انتخاب میکند و
به صحنه میآورد برای محاجه‌ای که در آن باید تمایز بین حق و باطل و شاخص
روشنگر در معرض دید همه قرار بگیرد.
هیچ سابقه نداشته است که در راه تبلیغ دین و بیان حقیقت، پیغمبر دست
عزیزان خود، فرزندان خود و دختر خود و امیرالمومنین را - که برادر و جانشین
خود هست - بگیرد و بیاورد وسط میدان؛ استثنائی بودن روز مباهله به این شکل
است.
یعنی نشان دهنده‌ی این است که بیان حقیقت، ابلاغ حقیقت، چقدر مهم است؛
میآورد به میدان با این داعیه که میگوید بیائیم مباهله کنیم؛ هر کدام بر حق
بودیم، بماند، هر کدام بر خلاف حق بودیم، ریشه‌کن بشود با عذاب الهی.
